Neue computer-Programm kann helfen, entdecken Sie versteckte genomische Veränderungen, fahren die Krebse

Neue computer-Programm kann helfen, entdecken Sie versteckte genomische Veränderungen, fahren die Krebse

Getestet auf großen tumor Genomik-Datenbank, OFFENBARER Methode können die Forscher schließen Genomik-zu-Zell-Funktion.

Krebs ist selten die Folge einer einzelnen mutation in einem einzigen gen. Vielmehr Tumoren entstehen aus dem komplexen zusammenspiel zwischen einer beliebigen Anzahl von sich gegenseitig ausschließende krankhafte Veränderungen im Genom, die Kombinationen können eindeutig sein, um jeden einzelnen Patienten. Zur besseren Charakterisierung der funktionellen Kontext der genomischen Variationen in Krebs, Forscher an der Universität von Kalifornien, San Diego School of Medicine und dem Broad Institute entwickelt einen neuen computer-Algorithmus, nennen Sie REVEALER.

REVEALER
Zur besseren Charakterisierung der funktionellen Kontext der genomischen Variationen in der Krebs -, entwickelten die Forscher eine neue computer-Algorithmus namens REVEALER.
Credit: UC San Diego Health s-software-portal GenePattern.org .

Dieses tool, beschrieben in einem Papier veröffentlicht April 18, die in der Natur-Biotechnologie, ist entworfen, um zu helfen Forscher identifizieren Gruppen von genetischen Varianten, die zusammen assoziieren mit einer bestimmten Art von Krebs-Zellen aktiviert, oder wie Sie reagieren auf bestimmte Behandlungen. REVEALER ist kostenlos erhältlich, um den weltweiten wissenschaftlichen Gemeinschaft über die Bioinformatik –

„Dieses computergestützte Analyse-Methode effektiv deckt die funktionalen Kontext der genomischen Veränderungen, wie zum Beispiel gen-Mutationen, amplifikationen oder Deletionen, die treiben Tumorentstehung,“ sagte senior-Autor Pablo Tamayo, PhD, professor und co-Direktor der UC San Diego Moores Cancer Center Genomics und Computational Biology der Freigegebenen Ressource.

Tamayo und team getestet REVEALER mit Dem Cancer Genome Atlas (TCGA), die National Institutes of Health-Datenbank mit genomischen Informationen von mehr als 500 menschlichen Tumoren, die viele Krebs-Arten. OFFENBARER offenbart gen änderungen im Zusammenhang mit der Aktivierung von verschiedenen zellulären Prozessen bekannt, um eine Rolle in der tumor-Entwicklung und Reaktion auf bestimmte Medikamente. Einige dieser gen-Mutationen, die bereits bekannt waren, aber andere waren neu. Zum Beispiel entdeckten die Forscher neue Aktivierung genomische Anomalien für beta-catenin, ein Krebs-Förderung protein, und für die oxidative stress-Reaktion, die einige Krebsarten hijack zu erhöhen Ihre Rentabilität.

REVEALER ist eine leistungsstarke Methode, sondern erfordert als input-hohe Qualität genomischen Daten und eine beträchtliche Anzahl von Tumorproben, die eine Herausforderung sein kann, Tamayo sagt. Aber REVEALER ist empfindlicher bei der Erkennung von Gemeinsamkeiten zwischen den verschiedenen Arten von genomischen Eigenschaften und weniger abhängig von der Vereinfachung von statistischen Annahmen, im Vergleich zu anderen Methoden, sagt er.

„Diese Studie zeigt das Potenzial der Kombination der funktionalen Profilierung der Zellen mit den Charakterisierungen von Krebs-genomen mittels next generation sequencing“, sagte co-senior-Autor Jill P. Mesirov, PhD, professor und associate vice chancellor für computational health sciences an der UC San Diego School of Medicine.

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